Летописната книга на клисурската света обител е от 1905 година и в нея са запазени сведения, че на мястото на сегашния манастир е имало зидове на стара църква както и руини от съществуващ преди векове манастир, известен сред местните хора като „пустио манастир.” Това място е било център за духовен живот още по времето на Втората българска държава, споменава се 1240 година.
Разположен в подножието на старопланинския връх Тодорини кукли в китната долина на река Врещица, той е носил прозвището Врещецки манастир. В първите години от падането на България под Османско иго е бил разрушен и задълго мястото остава забравено. През 17 в. шестима монаси от друг разрушен манастир в България се заселват на това място с намерение да възстановят светинята. Доброто начинание било възпрепятствано от сформиралите се в северозападна България бунтове, подкрепящи Чипровското въстание 1688 г. Претърпявайки поражение, въстаници решили да се укрият при монасите. Скоро биват предадени и потеря от турска войска се запътила към това място. Бунтовниците, виждайки от далече турските заптии, се укрили по дебрите на Стара планина. Монасите останали на своя духовен пост и върху тях се излива целия зловещ гняв на поробителя. Биват заставени да предадат посоката на укрилите се, но те не извършват предателство, поради което са жестоко наказани. Биват избити и след това изгорени на около сто метра от манастира. За ужас на духовните и физически поробители на мястото на кладата бликнал извор, който в последствие се оказал целебен. Много хора с физически и душевни недъзи, са получили благодатно изцеление, когато са отпивали от водите на аязмото. Но това става не механично, а на основата на една дълбока вяра и чиста сърдечна молитва към Бога. И природата свидетелства за тази висока жертва в името на вяра, род и родина, като над извора са израсли шест букови дървета по броя на монасите. С този момент се затваря една страница от историята на това място.
Градивният български дух не е оставил да отлети в мълчанието на вековете спомена за този древен светилник на Православната вяра.
През 1742 година е възстановен с дарения от жителите на близкото село Клисура, днес с. Бързия. Близо век по-късно, през 1862 г началникът на турските войски в Берковица Юсуф бей опожарява манастира като отнася със себе си колони от храма и дори престолния камък, за да го ползва в строежа на банята си.През 1867 г на Илия Стоянов от село Драганица във видение на сън от св. Николай му е внушено да отпочне възстановяване на манастирището. Тогавашният берковски митрополит Доротей определя за съратник на Илия Стоянов младият монах Антим с мирско име Александър Дамянов. Той е роден през 1834 г. в Берковица от будни родители, които желаели да го направят занаятчия и търговец, но скоро разбрали, че в сърцето на техния син е разпалена ревност към Бог, Който иска Неговите избраници да му принадлежат всеотдайно. На 33 годишна възраст йеромонах Антим, ръкоположен от владика Доротей, пристигнал на това място и си направил колиба от клони и пръти. Стремежът да въздигне от пепелищата това място го накарал да възстанови на първо време с лични средства стария параклис „Св. Николай”, магерницата и аязмото. Но след години това му се сторило недостатъчно. Архимандрит Антим поискал да издигне голям храм Св.Св.Кирил и Методий на височината, на която днес го виждаме. Доколкото по онова време земите на България са в пределите на огромната Османска империя, на турската управа от съседните селища не било угодно православният кръст да се издига по-високо от полумесеца на джамиите. За да бъде сигурен, че няма да има недоразумения, архимандритът написал писмо до султана с молба да получи необходимото разрешение за издигане на православен храм в местността. Писмото на молителя не е запазено, но пълния текст на документа на Абдул Азис от юни 1874 година свидетелства, че няма препятствия за построяването на такава черква върху „мястото на старата черква”, при условие, че се спазват границите на мерата, която принадлежи на манастира. Султанският указ забранява на архимандрит Антим да събира средства от вярващи християни в съседни села, които ще се черкуват тук, а според писменото обещание на духовника, той със свои средства трябва да изгради църквата. При спазването на всички условия, с доброволния труд на майстори от съседни села и с непрестанното вдъхновение на архимандрита, започнало строителството. В първоначалното си изпълнение той не е изглеждал в този вид, но е със същите размери от основа до височина. Три години продължава градежа и струва 27 хиляди лева лични средства, които според документи духовникът е спестил от търговия и наследство. Но и това му се струвало недостатъчно, затова той издигнал на запад и север от храма двуетажни здания, които в бъдеще ще се ползват от монашеското братство и гости на светата обител. Архимандрит Антим отминал от този свят през пролетта на 1922 година на 95 годишна възраст, 55 години от които е преживял и работил тук. За свой заместник в по-нататъшните работи той оставя своя следовник Антим Бачковски, когото благославя молитвено да не никога да не напуска манастира, а да продължи делото.
За възпоменание на първия храм днес на същото място е въздигнат параклис „Св. Николай” в южния манастирски двор.
Следващото десетилетие продължава вътрешната украса и зографисване на построения храм.
Долната част на иконостаса е дело на баща и син Фандъкови, представители на самоковската резбарска школа. Иконите на олтара са рисувани от талантливата ръка на зографа Никола Иванов, който работи в характерния източно-православен руски образец, в който са изписани и иконите на Патриаршеския катедрален храм „Св. Александър Невски” Стенописите са дело на професорите Георги Желязков и Георги Богданов.А ето и един филм за българските монахини от Вардарска Македония заселили се в Клисурската света обител:
http://www.youtube.com/watch?v=gQ2qD0HWoKM
